Eine römische Villa und frühmittelalterliche Einzelgräber sind Zeugen erster Besiedlungen am südlichen Kohlfirsthang im Norden des Kantons nahe der Grenze zum Thurgau. Erstmals erwähnt wird die alemannische Gründung «Pecchinhova» - was «beim Hof des Beggo oder Becco» heisst – Im Zusammenhang mit der sogenannten Wolvene-Schenkung von 858. Von König Ludwig dem Deutschen beurkundet, machte diese das im nahen Rheinknie gelegene Kloster Rheinau zum wichtigsten Grundherrn in Benken, dem die Einwohner fortan über mehrere Jahrhunderte hinweg zehntpflichtig waren. Die Vogtei Benken verlieh das Kloster mehrfach an Schaffhauser Bürger und Adlige. Im Jahr 1540 übernahm die Stadt Zürich die Vogtei und ebenso die Hochgerichtsbarkeit. Bis dahin war das Leben im Bauerndorf aufgrund der geografischen Lage und der rechtlichen Verhältnisse auf den Rhein und nach Schaffhausen ausgerichtet gewesen.
Benken verfügte sicher seit 1165 über eine Kapelle, die bis ins 14. Jahrhundert eine Filiale der Mutterkirche in Rheinau war. Später waren die Leute teilweise nach Laufen kirchgenössig. Zu einer eigenständigen Kirchgemeinde erhoben wurde Benken im Jahr 1579. Ein neues Gotteshaus erbauten die Gläubigen 1617 – vermutlich unter Wiederverwendung des mittelalterlichen Chors. Es handelt sich dabei um die heute noch existierende Saalkirche, deren Firstturm allerdings bei einem Brand im Jahr 1867 völlig zerstört wurde. Zwei Jahre später wurde ein Frontturm in neugotischen Formen errichtet. Durch seine Lage an der alten Durchgangsstrasse von Zürich respektive von Andelfingen nach Schaffhausen besass das Wein- und Ackerbauerndorf, das spätestens seit 1358 über eine Mühle verfügte, bereits im 13. Jahrhundert eine gewisse Bedeutung. Eine Taverne «Zur Sonne» ist allerdings erst für das Jahr 1640 bezeugt. Darin tagte von 1657 bis 1798 das kyburgische Grafschaftsgericht. Während der Helvetik war Benken Sitz der Distriktsverwaltung, seit 1814 gehört es zum Oberamt respektive zum Bezirk Andelfingen.
Neben der Landwirtschaft spielte lange Zeit der Torfabbau im Benkenerried eine wichtige Rolle. Ab 1860 begann oberhalb des Dorfs der Quarzsandabbau , dieser wurde in die aufkommende Glas- und Giesserei-Industrie von Bülach und Zürich geliefert. Jedoch musste der Betrieb in den 1980er-Jahren aus wirtschaftlichen Gründen aufgegeben werden.
Von 1850 bis 1950 nahm die Bevölkerungszahl um fast ein Fünftel auf 492 Menschen ab. Ein Entwicklungsanstoss kam mit der 1966 eingeweihten Autobahn A4 von Winterthur nach Schaffhausen sowie dem Zonenplan von 1967. In der Folge wurden gewisse Bereiche am Kohlfirsthang sowie im Süden und im Osten der Altbebauung überbaut.